Футбольная команда "Амкар" (Пермь) основана в Открытом акционерном обществе "Минеральные удобрения" в 1993 году. Днем рождения нового спортивного коллектива считается 5 мая 1993 года. В этот день заводские футболисты - любители впервые вышли на поле в розыгрыше Кубка г. Перми под своим новым названием, которое складывается из начальных букв основных химических продуктов, выпускаемых акционерным обществом - аммиак и карбамид.

Уже на следующий год заводская команда под руководством играющего тренера Виктора Засульского стала Чемпионом и обладателем Кубка Пермской области.

Большое участие в организации и становлении профессионального футбольного клуба "Амкар" (Пермь) принадлежит генеральному директору ОАО "Минеральные удобрения" Валерию Чупракову и коммерческому директору предприятия Геннадию Шилову. Главной задачей пермского клуба, образованного 6 декабря 1994 года стало создание команды, способной на высоком профессиональном уровне достойно представлять город и область в чемпионате России по футболу.

С мая 1995 года "Амкар" (Пермь) - член Профессиональной футбольной лиги и участник ежегодных первенств страны футболистов-нелюбителей.

Ведущую роль в успешном становлении коллектива сыграли главные тренеры "Амкара" Сергей Оборин и Рашид Рахимов, генеральный директор Юрий Гребенюк, футболисты мастера спорта Сергей Худорожков, Николай Яковлев, Сергей Чебанов, Константин Зырянов, Константин Парамонов, Александр Галеутдинов и другие.

Заметной вехой в истории ФК "Амкар" и футбола Прикамья стала победа 12 сентября 1998 года в розыгрыше Кубка России 98/99 годов над неоднократным чемпионом страны московским "Спартаком" со счетом 1:0. С трибун стадиона "Звезда" за матчем наблюдали 25 тысяч любителей футбола, бурно приветствовавших после окончания встречи успех своих земляков - амкаровцев.

1999 год стал новым этапом в истории выступлений команды и футбольной Перми - после многолетнего первенства представитель области - "Амкар" вновь представлял регион в первом дивизионе отечественного футбола. С этого времени пермский клуб имеет наивысший рейтинг среди профессиональных клубов Урала.

В 2003 году ФК "Амкар" вышел в Премьер-лигу